Berdirinya Lembaga Formal Pendidikan Islam Nahdlatun Nasyiin berawal dari kegiatan pendidikan keagamaan yang dilaksanakan di mushalla (langgar) yang didirikan oleh K. Syam. Langgar tersebut tidak hanya berfungsi sebagai tempat ibadah, tetapi juga menjadi pusat dakwah dan pembelajaran agama bagi masyarakat sekitar. Di tempat inilah anak-anak dan masyarakat belajar membaca Al-Qur’an, mempelajari dasar-dasar ilmu agama, serta menanamkan nilai-nilai keislaman dalam kehidupan sehari-hari.
Perkembangan lembaga pendidikan ini tidak dapat dilepaskan dari peran besar KH. Bahri, salah satu putra K. Syam yang memiliki perhatian besar terhadap kemajuan pendidikan Islam. Setelah menempuh pendidikan di Pondok Pesantren Banyuanyar, KH. Bahri banyak memperoleh bimbingan dan inspirasi dari salah seorang guru yang sangat beliau hormati, yaitu KH. Hazin Abdullah, salah satu masyayikh Pondok Pesantren Banyuanyar. Selain aktif mengabdikan diri di lingkungan Pondok Pesantren Banyuanyar, KH. Hazin Abdullah juga mendirikan lembaga pendidikan Nahdlatun Nasyiin di Plakpak, Pegantenan, Pamekasan.
Kedekatan hubungan antara guru dan murid tersebut memberikan pengaruh yang mendalam terhadap pemikiran KH. Bahri. Ketika kembali ke kampung halamannya, beliau bertekad untuk mengembangkan pendidikan Islam sebagaimana yang telah dicontohkan oleh gurunya. Sebagai bentuk penghormatan dan tabarrukan kepada KH. Hazin Abdullah, lembaga pendidikan yang dirintisnya kemudian diberi nama Nahdlatun Nasyiin, mengikuti nama lembaga yang telah didirikan oleh gurunya di Plakpak.
Hubungan baik antara KH. Bahri dan KH. Hazin Abdullah tetap terjalin erat setelah berdirinya Nahdlatun Nasyiin. Setiap pelaksanaan Haflatul Imtihan, KH. Hazin Abdullah hampir selalu hadir untuk memberikan tausiyah dan nasihat kepada para santri serta masyarakat. Menurut penuturan putra tertua KH. Bahri, yaitu KH. Abdul Majid Bahri sejak awal penyelenggaraan Haflatul Imtihan hingga wafatnya KH. Hazin Abdullah, beliau senantiasa menjadi penceramah dalam kegiatan tersebut. Hal ini menunjukkan kuatnya ikatan keilmuan dan spiritual antara keduanya.
Seiring bertambahnya kebutuhan masyarakat terhadap pendidikan yang lebih terstruktur, KH. Bahri mulai mengembangkan Nahdlatun Nasyiin tidak hanya dalam bentuk pendidikan diniyah, tetapi juga pendidikan formal. Berangkat dari keinginan untuk memberikan kesempatan belajar yang lebih luas kepada generasi muda, beliau mendirikan Madrasah Ibtidaiyah (MI) sebagai lembaga pendidikan dasar. Selanjutnya, demi menjamin keberlanjutan pendidikan para lulusan MI, beliau juga mendirikan Madrasah Tsanawiyah (MTs) sebagai jenjang pendidikan menengah pertama.
Pendirian MI dan MTs Nahdlatun Nasyiin menjadi tonggak penting dalam sejarah perkembangan lembaga. Kehadiran kedua lembaga tersebut merupakan wujud nyata dari komitmen KH. Bahri dalam memadukan pendidikan agama dengan pendidikan formal, sehingga peserta didik tidak hanya memiliki pemahaman keagamaan yang baik, tetapi juga memperoleh bekal ilmu pengetahuan umum yang memadai.
Dalam perjalanan kepemimpinan lembaga, wafatnya K. Syam menjadi momentum penting yang menentukan arah keberlanjutan dakwahnya. Setelah beliau wafat, seluruh putra-putri K. Syam mengadakan musyawarah keluarga untuk menentukan sosok yang akan melanjutkan amanah kepemimpinan. Musyawarah tersebut berlangsung dengan berbagai pandangan dan pertimbangan.
Dalam forum tersebut, KH. Bahri berpendapat bahwa yang seharusnya menjadi penerus adalah kakak tertua sebagai bentuk penghormatan terhadap kedudukan dalam keluarga. Namun, kakak tertua menyampaikan bahwa dirinya tidak terlibat secara langsung dalam proses perintisan dan pengembangan lembaga pendidikan yang telah berjalan. Oleh karena itu, melalui musyawarah keluarga diputuskan bahwa KH. Bahri adalah sosok yang paling tepat untuk memimpin Nahdlatun Nasyiin. Keputusan tersebut didasarkan pada kenyataan bahwa beliau merupakan tokoh yang berperan sebagai inspirator, motivator, sekaligus penggagas utama dalam pengembangan pendidikan formal di lingkungan Nahdlatun Nasyiin.
Di bawah kepemimpinan KH. Bahri, Nahdlatun Nasyiin terus mengalami perkembangan. Selain mempertahankan eksistensi pendidikan diniyah, beliau juga memperkuat penyelenggaraan MI dan MTs agar mampu memberikan pelayanan pendidikan yang lebih baik kepada masyarakat. Bahkan, sebelum wafat pada tahun 2009, KH. Bahri masih memiliki cita-cita besar untuk mendirikan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK). Beliau menyadari bahwa pendidikan kejuruan sangat diperlukan untuk membekali generasi muda dengan keterampilan dan kompetensi yang sesuai dengan perkembangan zaman serta kebutuhan dunia kerja.
Namun, cita-cita tersebut belum sempat diwujudkan karena KH. Bahri terlebih dahulu dipanggil menghadap Allah Swt. pada tahun 2009. Setelah wafatnya KH. Bahri, estafet kepemimpinan Lembaga Pendidikan Islam Nahdlatun Nasyiin dilanjutkan oleh KH. Abdul Majid. Sebagai penerus perjuangan para pendahulunya, KH. Abdul Majid berupaya menjaga dan mengembangkan lembaga yang telah dirintis dengan penuh pengabdian.
Salah satu langkah penting yang dilakukan oleh KH. Abdul Majid adalah mewujudkan cita-cita KH. Bahri dengan mendirikan Madrasah Aliyah (MA) atau Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Nahdlatun Nasyiin. Berdirinya SMK tersebut menjadi bukti nyata komitmen Nahdlatun Nasyiin dalam menyediakan layanan pendidikan yang lebih lengkap, mulai dari pendidikan diniyah hingga pendidikan kejuruan. Kehadiran SMK juga menjadi jawaban atas kebutuhan masyarakat akan pendidikan yang mampu mengintegrasikan nilai-nilai keislaman dengan keterampilan praktis yang dibutuhkan dalam kehidupan. Dengan demikian, sejarah Nahdlatun Nasyiin menunjukkan adanya kesinambungan perjuangan dari generasi ke generasi. Berawal dari langgar yang dirintis oleh K. Syam sebagai pusat pendidikan agama masyarakat, kemudian dikembangkan oleh KH. Bahri melalui pendirian Madrasah Diniyah, Madrasah Ibtidaiyah (MI), dan Madrasah Tsanawiyah (MTs) dengan inspirasi dan keteladanan yang diperoleh dari KH. Hazin Abdullah, salah satu masyayikh Pondok Pesantren Banyuanyar sekaligus pendiri Nahdlatun Nasyiin di Plakpak, Pegantenan. Perjuangan tersebut kemudian dilanjutkan oleh KH. Abdul Majid dengan merealisasikan pendirian SMK Nahdlatun Nasyiin. Seluruh perjalanan tersebut merupakan wujud pengabdian para pendiri dan penerus Nahdlatun Nasyiin dalam mencerdaskan kehidupan umat melalui pendidikan Islam yang berlandaskan nilai-nilai keilmuan, keteladanan, musyawarah, dan keikhlasan dalam berjuang di jalan Allah Swt.